Om een goede en onafhankelijke werking te kunnen garanderen werkt het Erfgoedfonds met drie commissies.

Bestuurscomité

Het Bestuurscomité ziet toe op de goede werking van het Fonds. Het legt onder meer de prioriteiten vast, stelt een algemeen beleid op lange termijn voor en waakt erover dat de middelen worden ingezet in overeenstemming met de doelstellingen.

Aankoopcommissie

De Aankoopcommissie bestudeert de aanvragen voor aankopen en schenkingen en adviseert het Erfgoedfonds. Onafhankelijke Belgische of buitenlandse deskundigen onderzoeken het belang van het kunstwerk en zijn plaats op de markt.

Toezichtscommissie

De Toezichtcommissie waakt over de bewarings- en tentoonstellingscondities van de stukken die door het Erfgoedfonds verworven zijn en in bewaring zijn gegeven aan musea, bibliotheken en andere instellingen.